Žaibų poveikis gali pasireikšti įvairiais būdais. Pats didžiausias poveikis būna tada, kai žaibo iškrova įvyksta visai greta. Tokiais atvejais galimas net visiškas GPS imtuvo sugadinimas. Fiksuotų (stacionariai įrengtų, pvz. laivuose) imtuvų apsaugai labai rekomenduotina įrengti gerus žaibų iškroviklius. Kitas poveikis pasireiškia dideliais žaibų sukeliamų elektromagnetinių bangų trukdymais, kurie gali labai apsunkinti DGPS signalų priėmimą. Šių trukdymų sumažinimui naudojamos specialios mažatriukšmės "magnetinės kilpos" tipo priėmimo antenos. Signalų priėmimo iš GPS palydovų kokybei žaibavimas didelės įtakos neturi.